红曲是我国传统发酵产品，已有上千年的食用历史，它早在公元十世纪的中国古代，就被应用在食品和药物上，被中医认为是极珍贵的保健补品，并对某些疾病具有良好的治疗功效。《天工开物》、《本草纲目》中，精确阐释了红曲米的药用价值和功效。

红曲既是中药材，又是食品，在我国古往今来一直被广泛用作食品着色剂、调味剂、红腐乳制造原料、肉类保存剂和药物。诸如：在著名的茅台酒醪液中，就有数量众多的烟色红曲霉(M.fuliginosus Sato)；产于福建、台湾等东南诸省的名酒"红老酒"，也是用红曲酿制而成。此类应用不胜枚举。

据查证，五代人陶谷在《清异录》中有"有赐绯羊其法以红曲煮肉"的最早的记载，这表明当时民间已经制造红曲了。在元代吴瑞的《日用本草》(1329年)中有“红曲酿酒，破血行药势”的药用记载。

红曲也被称作"丹曲"。明代宋应星《天工开物》记载了它的制作和用法，即精白米浸渍水中七天后蒸，以红酒精为种曲加工，在瓦室连续培养约一周可得。在我国台湾东南诸省，至今仍沿用红曲保存食物的做法。

明、清两代的本草学者著作梁充栋，著名如李时珍《本草纲目》、汪昂的《本草备要》、吴仪洛的《本草从新》、缪希雍的《本草经疏》、张璐的《本经逢源》等，都有关于红曲的较全面记载。红曲味甘性温，李时珍称其与神曲相同。汪昂论红曲，也认为"人营而破血，燥胃消食，活血和胃"。《本草纲目》还记载有古筹划《摘玄方》用红曲与香附，乳香等分为末、酒服，治腹痛。虽未说明是何种心腹痛，但从方中三味药和用酒服等，可知是气血阻滞所致。由此可见，红曲有活血和营、消食除滞之功。

红曲食疗兼备，一直倍受我国人民的珍爱。迄今在《中华人民共和国药典》和北京、湖南、山东、内蒙古等省市的地方中药材标准及炮制规范中，仍记载有红曲，内容几乎与古藉文献中一致。